با تشکیل کابینه دوم میرحسین موسوی طی سال های 1368-1364، سردار سرتیپ پاسدار خلبان محمدحسین جلالی به عنوان وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح انتخاب شد تا این مسئولیت را برای چهار سال برعهده بگیرد.
سردار جلالی که از فرماندهان عالیرتبه نیروی هوایی ارتش بود، به دستور حضرت امام خمینی (ره) برای کمک در تشکیل نیروی هوایی سپاه انتخاب گردید و در حدفاصل 28 دی 1370 تا آبان 1376 فرماندهی نیروی هوایی سپاه را بر عهده گرفت.
بعدها به ستاد کل نیروهای مسلح منتقل شد و در حساس ترین موقعیت ،ریاست مرکز عملیات این ستاد را برعهده گرفت و منشأ خدمات ارزنده ای در ریاست هیأت امنای بنیاد تعاون ستاد کل شده است.
وی در تاریخ۱۴بهمن ۱۳۹۳ توسط امیر محسن ضیائی به عنوان مشاور امداد هوایی رئیس جمعیت هلال احمر ایران انتخاب شد.